主条目：伊斯兰教历史
穆罕默德时期
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阿拉伯文书法作品。内容为：穆罕默德是真主的使者，愿平安与真主的慈悯在他上
主条目：穆罕默德
穆斯林在传统上视穆罕默德为最后一位先知[113]。根据现存最早的传记资料所载，40岁的穆罕默德在公元610年开始透露他接收到相信是来自真主、经天使加百列（吉布里勒）传达的天启，一直持续到他在22年后逝世。穆罕默德的同伴记录了这些天启的内容，从而编成《古兰经》[114]。
在麦加的穆罕默德向人们传道，恳请他们摒弃多神宗教，崇拜唯一的真主。虽然有一些人改信伊斯兰教，但麦加的权贵却迫害穆罕默德及他的追随者，导致一些穆斯林迁徙至阿比西尼亚（阿克苏姆帝国）。许多在早期改信伊斯兰教的人都是贫民及奴隶，如比拉勒[115]。麦加的权贵担心穆罕默德谴责部族意识、宣扬扶助贫民的讯息及呼吁停止多神崇拜会破坏他们的优越生活方式[116]。
经历12年被麦加人迫害的生活及麦加对哈希姆系的杯葛之后，穆罕默德及他的亲人、穆斯林决定出走，在622年迁移到麦地那（旧称雅兹里布）。穆罕默德与迁移到麦地那的穆斯林（迁士）及改信伊斯兰教的麦地那人（辅士）在那里建立了政治及宗教实体。穆罕默德又草拟了麦地那宪章，落实麦地那穆斯林、犹太人、基督徒及异教徒社群的权利和责任，并把他们融合为一个社群，称为乌玛[117]。宪章保障宗教自由及妇女的安全，赋予麦地那圣地的地位、制定了对内施政及对外防卫所需的税收体系及解决争议所需的司法体系[118]。
移居麦地那的麦加人及当地的麦地那人都同意捍卫穆罕默德及麦地那，对抗外来的威胁，包括多个犹太人部族[119]。在数年之内，他们与麦加爆发了两次冲突。首先是624年的白德尔战役，穆斯林在这次战役里取得胜利。麦加人为了复仇在一年后进军麦地那，双方在伍侯德战役里交战，虽然麦加人获胜，但他们无力攻取麦地那[120]。
其他阿拉伯地区的部族组成联盟，并在壕沟之战里围攻麦地那，意图消灭伊斯兰教。麦加与穆斯林在628年签订侯代比亚和约，和约列明穆罕默德要退回投奔他的麦加人。不过，在和约签订之后有更多的麦加人改信伊斯兰教，并迁出麦加，切断麦加的贸易路线[121]。穆罕默德在629年几乎兵不血刃地征服麦加，并在632年逝世之前统合各个阿拉伯部落皈依伊斯兰教[122]。
哈里发国与内乱
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阿卜杜勒-马利克·本·马尔万·本·哈卡姆下令兴建的圆顶清真寺在第二次穆斯林内战期间完工
更多信息：穆斯林的征服
穆罕默德在632年逝世之后，对于由谁来继承他成为穆斯林社群的领袖出现分歧。最终，在其他穆罕默德伙伴的支持下，阿布·伯克尔成为了首任哈里发[123]。在他的统治之下，穆斯林镇压了阿拉伯部落策动的里达暴动（又称叛教战争），又把势力延伸至叙利亚及伊拉克[124]。伯克尔又接纳穆罕默德另一位重要伙伴欧麦尔的建议，把《古兰经》编纂成书[125]。
阿布·伯克尔在634年逝世，由欧麦尔、奥斯曼·本·阿凡、阿里、哈桑·本·阿里·本·阿比·塔利卜相继继位，他们被统称为四大哈里发，在他们的管治下，穆斯林军队征服了波斯、叙利亚、亚美尼亚、埃及及北非部分地区[126]。
欧麦尔在644年被波斯人刺杀，奥斯曼被推选成为哈里发，但过程受到更大的阻力。奥斯曼制订了《古兰经》的标准版本，并发送至全国各地[127]。656年，奥斯曼亦遇刺，阿里成为哈里发。在与敌对势力爆发了第一次穆斯林内战后，阿里在661年被哈瓦立及派刺杀。此后，奥斯曼的表亲、不承认阿里为哈里发的穆阿威叶掌权，创建阿拉伯帝国的倭马亚王朝[128]。
宗教及政治领导权的争端引起穆斯林社会的分裂。多数穆斯林都承认在阿里之前的三位哈里发是合法的，他们就是逊尼派。少数穆斯林不认同这一观点，他们认为阿里及他的后裔才应该是统治者，这类穆斯林被称为什叶派[129]。穆阿威叶在680年逝世后，继承问题的争论再度引发内战，是为第二次穆斯林内战[128]。
倭马亚王朝征服了北非、西班牙，势力直达中亚及印度河流域[130]。作为少数宗教族群的当地犹太人及基督徒受到严重迫害，他们被课以重税，以支持穆斯林在602-628年的东罗马帝国和萨珊波斯之间的冲突里作战，加上两个帝国大规模的战争令他们的军事都衰弱，使倭马亚能得以迅速征服各地，夺得东罗马帝国及波斯帝国的领土[131][132]。不过，在签订麦地那宪章之后，犹太人及基督徒仍然可以在国内通过他们的法官执行他们的法律[133]。
在750年，穆罕默德的叔父阿拔斯·本·阿卜杜勒-穆塔利卜的后裔勾结心怀不满的非阿拉伯裔穆斯林（马瓦里）、贫困的阿拉伯人及一些什叶派，并在阿布·穆斯林将军的协助下推翻倭马亚王朝，建立阿拔斯王朝[134]。
古典时代
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主要的圣训集在阿拔斯王朝的早期得以整编。伊斯兰教法学家贾法尔·萨迪克的理论学说形成了贾法里派，而逊尼派的四大法学派别哈乃斐派、罕百里派、马立克派及沙斐仪派则分别出自阿布·哈尼法、艾哈迈德·伊本·罕百勒、马立克·伊本·艾奈斯及沙斐仪的学说。沙斐仪又设计了一种确认圣训可靠程度的办法[135]。塔巴里及伊本·凯西尔分别在9世纪及14世纪所写的《塔巴里古兰经注》及《伊本·凯西尔古兰经注》是最常用的《古兰经》注释本。哲学家伊本·西那及法拉比设法将希腊的哲学理论并入伊斯兰神学，至十一世纪时神学家安萨利等人极力反对他们的观点，最终占得上风[136][137]。
马蒙及穆阿台绥姆等哈里发把穆尔太齐赖派的哲学列为官方的信条，下令穆斯林跟从。穆尔太齐赖派是一个受希腊影响的哲学流派，属于一种叫凯拉姆的思辨神学，凯拉姆是指辩证法[138]。许多传统穆斯林都不承认穆尔太齐赖派的学说，并谴责他们贬低《古兰经》的地位。罕百勒拒绝向马蒙妥协，因而被投入暗无天日的巴格达监狱接近三十个月[139]。由艾什尔里建立的艾什尔里是凯拉姆的另一个流派[140]。
一些穆斯林开始质疑尘世间放纵的生活并非虔诚的表现，他们强调清心寡欲，过着清贫、谦卑及正直的生活。苦修的伊斯兰神学家哈桑·巴士拉激发起苏菲主义运动[141]。通过安萨利的规范化及重整，苏菲主义在13世纪变革，发展出苏菲教团的模式。苏菲教团是灵修导师与学生组成的团体[142]。
伊德里西在1154年绘制的《罗杰之书》是最超前的古代世界地图之一。伊德里西又记录可以在各地找到的各种穆斯林社群
这个时代又被称为伊斯兰黄金时代[143]。在这时开设的公立医院（称为病坊）在医治病人的方式上具有现代教学医院的鶵形[144][145]，医学生在接受教育和实习后需要通过考试才可以取得行医资格[146]。建于859年的卡鲁因大学被吉尼斯世界纪录大全认定是世上最早颁授学位的大学[147]。有学者博士学位是源自穆斯林法学院的教学资格[148]。实验及定量技巧的标准亦得以落实，并形成引证的习惯[149]。海什木被视为是现代科学方法之父，被称为是“世界上第一位真正的科学家”[参 9][150]。政府会向科学家发放相当于当今职业运动员的薪水[149]。有人认为哥白尼采用了阿拉伯天文学家的观测数据，从而提出日心说。贾希兹亦提出自然选择的基础理论[参 10][参 11]。鲁米写了一些最出色的波斯诗歌，至今依然是美国最畅销的诗歌作品之一[参 12][参 13]。
8世纪的柏柏尔人叛乱使第一个独立于哈里发国的穆斯林国家得以成立。隶属伊斯玛仪派的组织卡尔马特在930年发起叛乱声讨阿拔斯王朝，麦加遭到洗劫，黑石亦被掠夺，后来阿拔斯王朝赎回黑石[151]。蒙古帝国在1258年灭掉阿拔斯王朝[152]。
在这时，德里苏丹国统治印度次大陆的北部。伏尔加保加利亚亦成为伊斯兰教的国家。许多穆斯林前往中国经商，在宋朝的进出口贸易当中有重要的地位[参 14]。
近代
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奥斯曼王朝的阿卜杜勒-迈吉德二世是最后一位伊斯兰教哈里发
在14世纪初，苏菲商人把伊斯兰教带进东南亚，并在随后的两个世纪传播到苏门答腊及印尼东部。伊斯兰教亦传播到中亚突厥人及蒙古人的原居地，成为几乎所有突厥语族人的宗教。除了经由陆路东抵中国西部的新疆，伊斯兰教又透过广州等港口从海路传入中国，最早具传统中国特色的清真寺仍然屹立在广州。马里在15世纪有一个兴盛的穆斯林王国，伊斯兰教在大部分西非地区落地生根，遍及萨赫勒、尼日尔河沿岸及当今的尼日利亚。阿拉伯的穆斯林部落亦在14世纪迁居至苏丹，当地的努比亚人亦逐渐转信伊斯兰教[153]。
在这时，什叶派最大的派系宰德派与大部分的逊尼派派系一样都采纳哈乃斐派的法学[154][155]。什叶派的萨非王朝在1501年当政，征服了整个伊朗[156]。随后，萨非王朝强迫大量的伊朗逊尼派穆斯林改信什叶派十二伊玛目派。直至现在，十二伊玛目派仍然是伊朗的国教[157]。
奥斯曼帝国则通过海陆路的武力扩张威胁欧洲，他们在1529年的维也纳之围兵锋直指中欧。通过征服阿尔巴尼亚、保加利亚及塞尔维亚，伊斯兰教亦乘势传入东欧[158]。在16世纪之前，克里米亚、俄国南部、哈萨克斯坦及西伯利亚西部亦受到伊斯兰教法的管治。高加索地区在17世纪中叶之前亦落入伊斯兰势力的手里[159]。
在1800年代开始，穆斯林世界的政治局势开始全面衰退。这种衰退在文化上十分明显，18世纪尚有塔基丁在伊斯坦布尔设立天文台，杰辛格天文台也是在这个世纪内建成，但到20世纪，没有一个穆斯林国家拥有主要的天文台[160]。大英帝国在19世纪正式结束了蒙兀儿帝国在印度的统治，奥斯曼帝国亦在第一次世界大战后瓦解，哈里发国的制度在1924年寿终正寝[161]。
穆罕默德·伊本·阿卜杜·瓦哈布在18世纪于当今的沙特阿拉伯推动赛莱菲复兴运动，这是逊尼派的一种极端保守改革运动。他们自称为认主独一者（一神论者），外界则称为瓦哈比派。建基于伊本·泰米叶及伊本·卡伊姆·贾兹亚的学说，瓦哈比派致力于维护一神论，革除后世的创新达到净化伊斯兰教的目的。他们极力反对偶像崇拜的庙宇和神殿，导致许多庙宇和神殿都遭到破坏，包括穆罕默德及其追随者在麦加及麦地那的遗址[参 15]。19世纪则出现德奥班德运动及巴雷尔维派，他们都是伊斯兰复兴运动。
现代
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随着与工业化国家的接触，穆斯林通过经济移民来到新的地区。许多的穆斯林以合约佣工的身份由印度、印度尼西亚移居到加勒比地区，使加勒比成为穆斯林人口比例最大的美洲地区[162]。此外，都市化及在非洲的贸易增长使穆斯林在新的地区定居，又在这些地区传播伊斯兰教，结果使非洲撒哈拉沙漠以南地区的穆斯林在1869年至1914年倍增[163]。自1960年代开始，经济的蓬勃发展促进劳工移民到欧洲，使穆斯林移民显著地增加，现在西欧国家的穆斯林人口大约有2,000万[164]。
有越来越多的穆斯林知识分子不再把永恒不变的伊斯兰教宗教信仰与过时的文化传统习俗混为一谈[165]。自由派尝试使宗教传统与现代的世俗统治及人权规范共存。自由派的支持者认为解读宗教经典的方法有多种，又强调有需要“在宗教事务上留有独立思考”的空间[166][167]。女权问题在现代有关伊斯兰教的讨论当中有很大的比重[168]。
中国在文化大革命期间（1966-1976）关闭了许多清真寺，并禁止宗教活动，但是中国在改革开放以后，恢复了正常的宗教活动，伊斯兰教在中国又兴盛起来[169]。在以前共产主义政权的控制下，阿尔巴尼亚曾经是第一个正式禁止包括伊斯兰教在内所有宗教习俗的国家[170]。另外，在柬埔寨，由于穆斯林独特的信仰与红色高棉仇视所有宗教信仰的政策不兼容，约有15万占族穆斯林在红色高棉时期被极端的共产主义者杀害[参 16]。在土耳其，军事政变推翻了伊斯兰政权，政府建筑物内禁止佩戴头巾，突尼斯也一样[参 17][参 18]。阿富汗（塔利班）及伊朗的革命运动则将世俗政权推翻，建立了较极端的伊斯兰政权。一些跨国的极端组织如奥萨玛·本·拉登的基地组织诉诸恐怖主义反抗西方的影响[171]。
穆罕默德·阿布都、贾迈勒丁·阿富汗尼及穆罕默德·伊克巴勒等伊斯兰思想家意识到穆斯林社会落后于欧洲，他们呼吁要振兴及活化伊斯兰教的思想和习俗，以恢复穆斯林的尊严和高尚的地位[172]。学者阿布·安拉·毛杜迪则推动了现代伊斯兰主义的发展[参 19]。经常被封杀的穆斯林兄弟会等伊斯兰组织提倡利用伊斯兰教作为全面的政治操作方案[参 20]。伊朗的革命推翻了世俗政权，建立伊斯兰国。土耳其的伊斯兰政党正义与发展党在民主制度下执政了超过十年，其他国家的伊斯兰政党在阿拉伯之春后的选情亦顺利[参 21]。1969年耶路撒冷阿克萨清真寺的纵火事件促使伊斯兰合作组织的成立，该组织致力于促进穆斯林国家之间的全面合作[参 22]。
出于对伊斯兰教的虔诚而出现的现象遍布全球。在许多地方，穿戴希贾布（头巾）越来越普遍，支持奉行伊斯兰教法的穆斯林比率亦增加[参 23][参 24]。随着越来越多的宗教资料以电子形式发放给穆斯林，他们能够接收到足够精确的讯息，不再倚赖沦为配角的教士[参 25]。一些组织开始利用传媒传播伊斯兰教，例如24小时电视频道Peace TV[参 26]。由于伊斯兰教的价值观切合非洲传统的生活方式，许多专家都认同伊斯兰教在东非和西非的增长超出其他宗教[参 27]。