离婚时两个孩子抚养权的分配问题，需要综合多方面因素进行考量，以下为您详细介绍：
首先，遵循最有利于未成年子女原则。法院会全面评估父母双方的抚养能力和抚养条件等具体情况。抚养能力方面，经济状况是重要考量因素。例如，一方收入稳定且较为丰厚，能够为孩子提供良好的生活、教育、医疗等条件，那么在分配抚养权时，这一方可能会更具优势。居住环境同样关键，稳定、安全且适宜孩子成长的居住环境，比如周边有优质学校、医疗设施便利、社区环境良好等，会对争取抚养权产生积极影响。
其次，尊重孩子意愿。对于已满八周岁的子女，法院会充分尊重其真实意愿。因为八周岁以上的孩子已经有了一定的认知和判断能力，他们对自己跟随哪一方生活可能有比较明确的想法，其意愿在抚养权分配中具有重要作用。
在实际判决中，很多情况下是一人抚养一个孩子。这是法院从经济责任分摊、孩子成长以及家长精力等角度综合考虑的结果。这样的分配方式既能保证每个孩子都能得到父母一方的关爱和照顾，也能使父母双方在经济和精力上相对均衡地承担起抚养责任。
如果双方对于孩子抚养问题能够协商一致，法院会按照双方当事人的意思出具判决书。但如果双方不能协商一致，法院则会根据上述原则以及具体案件情况进行判决。例如，一方存在不利于孩子成长的情形，如患有严重疾病、有赌博吸毒等恶习、曾经有过虐待孩子的行为等，另一方则有可能获得两个孩子的抚养权。
相关法律依据主要体现在《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编中关于离婚后子女抚养的相关规定，这些规定旨在保障未成年人的合法权益，确保他们在父母离婚后能够健康成长。